1952年初的一天，薄一波去毛泽东处。毛泽东正在阅读习仲勋从西安发来的报告《关于中共中央西北局委员会全体会议情况》。报告的内容是关于西北地区的土地改革、统一战线和民族工作的，内容丰富，论述精辟。毛泽东读完非常高兴，于是问薄一波：“你说说，习仲勋这个同志怎么样？”
1952年，习仲勋奉调到北京，任中宣部部长、兼政务院文教委员会副主任，后又任政务院秘书长，协助周恩来总理工作长达10年之久。直至1962年9月，因所谓“《刘志丹》小说问题”，遭人诬陷。
当时正是“以阶级斗争为纲”的时期。康生认为小说《刘志丹》是为高岗翻案。在中共八届十中全会上，给毛泽东写了一个条子，说：“利用小说进行反党活动，是一大发明。”毛泽东在会上念了康生写的条子，康生借此作为毛主席的语录，对习仲勋等人上纲上线。
出席全会的同志一时无法明白事情真相，习仲勋只好向周恩来总理请假：“我最好不参加会议，让我好好想想问题，花点时间准备一下，检查我的错误。”周恩来握着习仲勋的手说：“党中央、毛主席是信任你的，让你代表政府做了许多工作，即使出了《刘志丹》小说这个问题，错了就改嘛。我们还是好朋友，千万不要有一念之差。”
习仲勋感动得热泪盈眶，他向周恩来表示：“总理，您放心，这点我不会。我准备回农村去做个农民，革命也不是为了做官，种地同样可以革命。”1965年，习仲勋被下放到洛阳矿山机械厂当副厂长。“文革”爆发后，康生更不会放过习仲勋。1967年1月4日，习仲勋被揪到西安接受批斗，此后身陷囹圄，被审查、关押、监护前后长达16年之久。
粉碎“四人帮”后，习仲勋离开北京，赴广东主持工作。他主政广东是在1978年春至1980年底。时间虽然不长，却正处在历史大转折时期。在这样的历史关头，可以说大事、难事、突发事件不断，刚到广东的习仲勋就遇到一件棘手的事。
那一年，广东发生了群体性偷渡外逃香港的风潮。事态之猛烈、之严重，是现在的人难以想象的。1979年1至5月，全省偷渡外逃人数高达12万人，逃出的近3万人。
当时，深圳收容站人满为患，收容人数超过10万。由于收容站条件差，一些被收容人员没有饭吃，饮用水供应不足，受伤人员得不到及时医治。遣送途中经常发生偷渡人员逃跑、群众抢人乃至抢夺押运人员武器的恶性事件。
习仲勋得到情况反映后，立即召开省委有关部门负责人会议。他严肃地说：“不能把他们当作敌人，总归还是自己人。你们要把他们统统放走。”他还说，要加强收容站对偷渡者的宣传教育工作。不要抓了就送走，连几句开导的话都不说。外逃者多的县，应派人来收容站接人，并负责教育。但是“不要歧视、虐待外逃者”。
为了摸清问题，上任不久习仲勋就轻车简从，到问题严重的宝安县城考察。在沙头角镇“中英街”，看到香港那边车水马龙，宝安这边冷落萧条，他心里感到很难受，对陪同人员说：“解放快30年了，那边很繁荣，我们这边却破破烂烂。”
正是这种强烈而鲜明的感性认识，让习仲勋对问题的根源有了明确的判断：制止群体性外逃的根本措施是发展经济，提高群众生活水平。他对身边的干部说，“如果把偷渡看成是政治上的原因，就会把大批农民推到对立面去，这是不对的，要教育，要怪我们没有教育好农民，要怪我们没有制定好的政策维护他们的利益。”
经习仲勋的处理，偷渡风波很快得到了平息，到1979年11月，全省偷渡人数下降到只有近百人。
风波停息后，习仲勋感触很深。香港人中80%以上是广东人，为什么在香港能把经济搞好而在国内却不行？习仲勋认为，关键是政策问题。通过实地考察，习仲勋感到广东具有快速发展的优越条件，中央应该赋予广东更加灵活优惠的政策，以解放和发展生产力。
1979年，党中央在北京召开中央工作会议。习仲勋发言说，现在中央权力过于集中，地方感到办事难，没有权，很难办。接着他提出：“广东邻近港澳，华侨众多，应充分利用这个有利条件，积极开展对外经济技术交流。这方面，希望中央给点权，让广东先走一步，放手干。”
时任中共中央主席的华国锋听了一愣，问“你们想要什么权？”习仲勋说：“如果广东是一个‘独立的国家’，可能几年就搞上去了，但是在现在的体制下，就不容易上去。”所谓的“现在的体制”，指的就是计划经济体制。习仲勋的汇报得到了政治局的赞许和支持，就连华国锋也说，广东可以先走一步，中央、国务院下决心，想给广东搞点特殊政策，自主权大一些。
这个想法很快得到了邓小平的支持。在同习仲勋等人谈话中，邓小平指出：“办一个特区，过去陕甘宁就是特区嘛，中央没有钱，你们自己去搞，杀出一条血路来！”
此后不久，深圳特区开始设立。深圳、珠海两个特区的奠基也是由习仲勋亲自主持的。有评价说，习仲勋是向中央建议设立经济特区的第一人，对中国改革开放功不可没。
告诫儿子要给人出路
习仲勋一辈子没整过人，他对动辄整人十分厌恶。
1959年，习仲勋在国务院任副总理兼秘书长、负责国务院常务工作。据当时任职国务院信访室主任、在习仲勋手下工作多年的马永顺回忆，那年6月，甘肃群众不断来信反映当地缺粮严重。
“一天，我把一封来信以及随信寄来的一包当地群众充饥的食物交给习仲勋同志，习仲勋当场毫无顾忌地掰下一块拿到嘴里尝了一下说‘这哪里是人吃的东西！’”马永顺回忆说，第二天一早，习仲勋即派他和两名干部当晚出发去甘肃，会同当地处理此事。
但在随后的反"右倾"运动中，甘肃省委的一位负责人向习仲勋同志告状，说马永顺等人去甘肃调查是搜集"阴暗面"，是严重"右倾"思想，要求把马永顺送回甘肃接受批判，此事被习仲勋按下了，未予理睬。更让马永顺感动的是，习仲勋甚至没有告诉马永顺本人，直到1963年西北局开会，马永顺才知道此事。
1990年后，退居二线的习仲勋到深圳养老，仍念念不忘法律、纪律的问题。那年，他专门与深圳市纪委书记李海东谈了一次话，说纪律严字当头，但也要宽以待人，一个人犯了错误要给他空间改正，党和国家培养一个干部不容易，倒掉一个却很容易。末了，习仲勋语重心长地对李海东说：“你作为纪委书记，也要刀下留人呐！”
据身边的工作人员回忆，习仲勋还曾多次对儿子习近平说："近平，不管你当多大的官，不要忘记勤勤恳恳为人民服务，真真切切为百姓着想，要联系群众，要平易近人，对干部有毛病有错误，要先跟他打招呼让他改，要是他还是不改那就是另外一回事了。批评教育要从严，但要给人出路。"
